Минздрав России выступает оператором ЕГИСЗ. Именно он обеспечивает бесперебойную работу системы в целом: создаёт и эксплуатирует защищённую сеть передачи данных (ЗСПД ЕГИСЗ), на базе которой идёт обмен информацией. В системе есть встроенная подсистема защиты, которая реализует комплекс мер: идентификацию и аутентификацию пользователей, управление доступом, регистрацию событий безопасности, антивирусную защиту, обнаружение вторжений, контроль защищённости, защиту технических средств и виртуализации, а также криптографическую защиту.